En nylig metagenomisk undersøgelse har afsløret et bemærkelsesværdigt forskelligartet spektrum af vira og bakterier, der bæres af gnavere i Heilongjiang-provinsen, herunder Lassa-virus, Amur-virus, Salmonella og Yersinia pestis.
Forskningen anvendtePatogen RNA-berigelseskit fra Macro & Micro-Test, baseret på probeindfangningsteknologi. Ved selektivt at udtømme værtens rRNA og andre konserverede værtsfragmenter, bevarede metoden effektivt mikrobiel RNA, hvilket forbedrede patogendetektionsfølsomheden betydeligt. Dette patogen-RNA-berigelsestrin var afgørende for at opnå en høj detektionsrate og gav stærk teknisk støtte til patogenovervågning.
Gnavere: Vigtige reservoirer for zoonotiske sygdomme
Gnavere er den artsrigeste og mest udbredte gruppe af pattedyr, der omfatter mere end 2.000 arter på verdensplan og tegner sig for over 40% af alle pattedyrarter.
Ud over deres økologiske betydning fungerer gnavere som vigtige reservoirer og vektorer for adskillige zoonotiske patogener.Fordi gnavernes levesteder ofte overlapper med menneskelige miljøer – gennem direkte bid, kontakt med ekskrementer eller indirekte transmission via lopper og mider – udgør de patogener, de rummer, vedvarende trusler mod folkesundheden.
Det er værd at bemærke, at mere end 70 % af nye infektionssygdomme stammer fra vilde dyr, hvor gnavere repræsenterer et af de vigtigste virusreservoirer.
Heilongjiang grænseregion: En frontlinje for patogenovervågning
Heilongjiang, en grænseprovins i det nordøstlige Kina, besidder rigelige økologiske ressourcer og deler grænser med flere lande. Kombinationen af rig biodiversitet og hyppige grænseoverskridende befolkningsbevægelser skaber gunstige betingelser for spredning af patogener.
Mellem juni og juli 2021 indsamlede forskere 67 vilde gnavere fra Hengdaohezi by, Mudanjiang by. Prøverne omfattede:
l 20Apodemus-halvøen
l 47Myodes rufocanus
Alle eksemplarer blev fanget i boligområder og omkringliggende landbrugsjord, hvilket fremhæver den tætte grænseflade mellem menneskelige bosættelser og dyrelivets levesteder.
Patogenberigelsesteknologi: Overvindelse af værtens baggrundsinterferens
I metagenomisk sekventering dominerer værts-RNA typisk sekventeringslæsninger og maskerer patogensignaler med lav forekomst.
For at imødegå denne udfordring anvendte studietMacro & Micro-Tests patogenmetagenomiske detektionskit. Ved hjælp af probeindfangningsteknologi binder specifikt designede prober sig til værtens rRNA og konserverede sekvenser, hvilket muliggør deres udtømning og derved berigelse af mikrobielt RNA.
Denne tilgang forbedrede følsomheden for patogendetektion væsentligt, hvilket gjorde det muligt for downstream-sekventering at genvinde en højere andel af patogenaflæsninger. Berigelsestrinnet lagde et solidt fundament for nøjagtig karakterisering af patogenspektret, der bæres af gnavere.
Efter berigelse blev RNA-prøverne underkastet revers transkription, bibliotekskonstruktion og højkapacitetssekventering. Bioinformatisk analyse omfattede:
l Filtrering af værtsgenom
Taksonomisk klassificering ved hjælp af Kraken2
l Korrektion af mængder med Bracken
Denne arbejdsgang genererede en omfattende profil af virus- og bakteriesamfund.
Forskningsresultater: Samcirkulation af flere vira og bakterier
Virale fund
De fundne vira tilhørte 21 virusfamilier, herunderArenaviridaeogHantaviridae.
Vedpå nyVed samling ved hjælp af Megahit blev der genereret 154 virale contigs, hvoraf 110 stemte overens med 19 vira fra otte familier.
In Apodemus-halvøen, blev følgende vira identificeret:
l Arenavirus: Lassa-virus, Wenzhou-virus, Gairo-virus
l Hantavirus: Amur-virus, Puumala-virus
In Myodes rufocanusDer blev påvist rottearterivirus og Amur-virus.
Blandt disse patogener:
Lassavirus er et forårsagende agens for viral hæmoragisk feber, med en dødelighed på cirka 20 %.
Amurvirus er en af de patogener, der er ansvarlige for hæmoragisk feber med nyresyndrom (HFRS). Kina rapporterer den højeste globale byrde af hantavirusinfektioner.
Bakteriefund
I alt 1.051 bakterieslægter blev annoteret.
De mest udbredte slægter var:
lSalmonella(26–31%)
lYersinia(11–23%)
Salmonellaer en vigtig fødevarebåren patogen, der er ansvarlig for anslået 9 millioner tilfælde af tyfusfeber og cirka 110.000 dødsfald årligt på verdensplan.
Yersinia pestis, den forårsagende agens for pest, har været ansvarlig for tre historiske pandemier. Heilongjiang-provinsen er anerkendt som et af Kinas naturlige pestcentre og er fortsat en prioriteret region for pestovervågning.
Undersøgelsens betydning
Videnskabelige bidrag
Denne undersøgelse repræsenterer den første rapport om Lassa-virusfragmenter og rottearteritisvirus hos gnavere fra Heilongjiang og udvider dermed Kinas database over gnaverbårne patogener.
Den karakteriserer systematisk virus- og bakteriesamfund i lokale gnaverpopulationer og leverer basisdata til overvågning af zoonotiske sygdomme i grænseregioner.
Implikationer for folkesundheden
Resultaterne fremhæver behovet for kontinuerlig overvågning og screening af patogenerA. halvøerogM. rufocanus.
Dataene giver videnskabelig evidens, der understøtter strategier for kildekontrol af sygdomme som pest og hæmoragisk feber med renal syndrom.
Metodologiske styrker
Metagenomisk sekventering muliggør upartisk detektion af både kendte og nye patogener.
I denne undersøgelse udviste Macro & Micro-Tests patogenberigelsesteknologi stærk ydeevne og forbedrede effektivt detektion af målpatogener i komplekse biologiske prøver. Resultaterne bekræfter dens evne til at understøtte identifikation af højfølsomme patogener i forbindelse med overvågning af vilde dyr.
Produktanbefaling
Baseret på dets vellykkede anvendelse i dette studie anbefales Macro & Micro-Test Pathogen RNA Enrichment Kit på det kraftigste til metagenomisk overvågningsforskning.
Ved effektivt at reducere værtens nukleinsyrer og berige mikrobielle sekvenser forbedrer kittet detektionsfølsomheden og datakvaliteten betydeligt. Det repræsenterer et vigtigt værktøj til præcis patogenopdagelse i komplekse prøver og yder robust teknisk support til folkesundhedsovervågning, zoonotisk risikovurdering og udbrudsberedskab.
Contact to learn more: marketing@mmtest.com
Opslagstidspunkt: 2. marts 2026